La historia del Museo de Puerto Río Tranquilo se remonta a inicios del 2000, cuando sus habitantes empezaron a realizar pequeñas exhibiciones comunitarias en torno a su patrimonio local. De allí surge su primera sala museográfica años más tarde, en el 2006, con una muestra que comprendía objetos de valor histórico, los cuales fueron entregados en calidad de préstamo y donación. Tras su cierre en el 2015 parte de las colecciones pasaron a ser custodiadas por la escuela Gabriela Mistral.

En enero del 2019 el museo reabre sus puertas en el sector Costanera, esta vez gestionado por una agrupación de residentes dedicados al turismo, la historia y la gestión cultural y medioambiental. El museo como proyecto comunitario busca visibilizar la historia de la localidad y la región, mediante la reflexión sobre el pasado, presente y futuro de su identidad.

Desde su re-apertura desarrolla exhibiciones dentro y fuera de su recinto, principalmente promoviendo el respeto por el patrimonio natural de las zonas que circundan el Lago General Carrera, el conocimiento tradicional y las proyecciones de las comunidades que lo han habitado.

El museo de Puerto Río Tranquilo sirve como  un eje para el desarrollo de actividades de vinculación con la comunidad, relacionándose con diversos actores e instituciones que operan a nivel regional en el ámbito de la cultura y la investigación.